Các khoản chi phí nào thường bị loại khỏi khấu trừ thuế đầu vào?

I. Các khoản chi phí không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Giao dịch từ 5 triệu đồng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Từ 01/07/2025, ngưỡng bắt buộc có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt giảm xuống còn 5 triệu đồng (đã bao gồm VAT) cho mỗi lần mua hàng hóa, dịch vụ. Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, giao dịch phải có chứng từ như chuyển khoản, thẻ ngân hàng hoặc ví điện tử hợp pháp.
• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động không chịu thuế GTGT: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho hoạt động thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì phần thuế GTGT đầu vào sẽ không được khấu trừ. Nếu sử dụng đồng thời cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, chỉ được khấu trừ phần tương ứng với tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu.
• Hàng hóa, dịch vụ không đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ: Chi phí mua vào thiếu hóa đơn GTGT (hoặc chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu) hoặc hóa đơn không đúng quy định sẽ không được khấu trừ thuế.
• Thanh toán chậm trả (trả chậm) quá hạn không có chứng từ qua ngân hàng: Đối với hàng hóa mua trả chậm, khi đến hạn thanh toán theo hợp đồng mà doanh nghiệp thanh toán bằng tiền mặt hoặc không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, doanh nghiệp phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trước đó.
• Thuế GTGT đầu vào đã được tính vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản: Nếu thuế GTGT đầu vào đã được hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định thì không được khấu trừ nữa.

II. Các điểm mới quan trọng có hiệu lực từ 2025 (Nghị định 181/2025/NĐ-CP)

• Thanh toán từ tài khoản cá nhân (ủy quyền) vẫn được khấu trừ: Nếu doanh nghiệp có văn bản ủy quyền cho người lao động thanh toán không dùng tiền mặt từ tài khoản cá nhân cho các giao dịch phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, sau đó doanh nghiệp thanh toán lại cho cá nhân bằng hình thức không dùng tiền mặt (trên 5 triệu đồng), thuế GTGT đầu vào của giao dịch đó vẫn được khấu trừ.
• Thuế GTGT không được khấu trừ được tính vào chi phí TNDN: Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ (do dùng cho hoạt động không chịu thuế hoặc ô tô vượt định mức…) được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
  Ngoại lệ: Số thuế của giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên mà vi phạm quy định thanh toán không dùng tiền mặt thì vừa không được khấu trừ thuế GTGT, vừa không được tính vào chi phí TNDN.
• Hàng hóa bị tổn thất vẫn được khấu trừ: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tổn thất, hư hỏng do thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh hoặc các trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường vẫn được khấu trừ toàn bộ.

Lưu ý quan trọng

• Kiểm soát giao dịch trong ngày: Các giao dịch mua hàng nhiều lần trong cùng một ngày từ cùng một nhà cung cấp, nếu tổng giá trị cộng dồn từ 5 triệu đồng trở lên, thì bắt buộc tất cả các hóa đơn đó phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ.
• Rà soát quy trình nội bộ: Doanh nghiệp cần cập nhật quy chế chi tiêu từ 01/07/2025 để đảm bảo mọi khoản chi trên 5 triệu đồng đều qua ngân hàng, tránh rủi ro bị loại chi phí kép (vừa mất thuế GTGT, vừa tăng thuế TNDN).
• Lưu trữ hồ sơ ủy quyền: Đối với trường hợp nhờ nhân viên thanh toán hộ, bắt buộc phải có Quy chế tài chính hoặc Quyết định ủy quyền bằng văn bản và chứng từ hoàn tiền từ tài khoản công ty sang tài khoản nhân viên.