Có được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu hóa đơn được phát hành trước nhưng thanh toán sau ngày này không?

I. Bảng tra cứu nhanh

Mốc cần nhớ: từ 05 triệu đồng trở lên cần xét chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; hóa đơn phát hành trước 01/07/2025 nhưng thanh toán sau thời điểm này vẫn xét theo thời điểm thanh toán.

II. Điều kiện khấu trừ trong trường hợp hóa đơn lập trước, thanh toán sau

1. Nguyên tắc cốt lõi

Bản chất của vấn đề nằm ở chỗ này: có hóa đơn GTGT hợp lệ là điều kiện nền tảng, nhưng chưa đủ trong mọi trường hợp. Nếu hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), doanh nghiệp thường lệch ở đoạn này khi chỉ giữ hóa đơn mà thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Trong thực tế, trường hợp hóa đơn được phát hành trước nhưng thanh toán sau vẫn được xét theo thời điểm thanh toán. Vì vậy, nếu thanh toán rơi vào giai đoạn áp dụng quy định mới thì điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vẫn cần được kiểm tra tương ứng.

2. Trường hợp dưới 05 triệu đồng

Với hóa đơn có giá trị dưới 05 triệu đồng, không đặt ra yêu cầu về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Chỉ cần có hóa đơn GTGT hợp lệ và hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế thì vẫn được khấu trừ.

3. Trường hợp trả chậm, trả góp

Nếu mua hàng theo hình thức trả chậm, trả góp và chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, vẫn có thể khấu trừ tạm thời thuế GTGT đầu vào.

Lúc thanh tra thường bị hỏi đầu tiên là hợp đồng có ghi rõ thời hạn thanh toán hay không. Nếu hồ sơ không thể hiện rõ ngày đến hạn, rất dễ phát sinh tranh luận về thời điểm phải điều chỉnh giảm.

III. Khi nào phải điều chỉnh giảm và khi nào không được khấu trừ lại?

1. Thời điểm phải điều chỉnh giảm

Nếu đã đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng mà vẫn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp cần kê khai và điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tại kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Đây là lỗi đơn giản nhưng nhiều doanh nghiệp vẫn vi phạm vì chỉ theo dõi ngày hóa đơn, không theo dõi ngày đến hạn thanh toán thực tế.

2. Thanh toán sau hạn hợp đồng

Nếu thanh toán không dùng tiền mặt được thực hiện sau hạn thanh toán theo hợp đồng, thì khoản thuế GTGT đầu vào đã bị điều chỉnh giảm không được khấu trừ lại.

Thực tế dễ sai ở đây vì nhiều đơn vị cho rằng chỉ cần chuyển khoản bổ sung sau đó là có thể khôi phục số thuế đã bị loại. Cách hiểu này rất dễ dẫn đến kê khai sai.

Ví dụ thực tế

Hóa đơn lập ngày 15/07/2025, giá trị 10 triệu đồng, hạn thanh toán theo hợp đồng là 30/09/2025.

• Tại kỳ 7/2025, doanh nghiệp được khấu trừ tạm thời.
• Đến 30/09/2025, nếu chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cần điều chỉnh giảm tại kỳ 9/2025.
• Nếu thanh toán sau 30/09/2025 thì không được khôi phục khấu trừ.

IV. Hồ sơ cần kiểm tra và rủi ro hay gặp

1. Hồ sơ nên rà soát

• Hóa đơn GTGT hợp lệ
• Hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thể hiện rõ thời hạn thanh toán
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu thuộc ngưỡng từ 05 triệu đồng trở lên
• Đối chiếu tổng giá trị thanh toán, kể cả trường hợp xác định theo tổng các hóa đơn trong cùng ngày

2. Lỗi thường gặp

• Không điều chỉnh giảm tại kỳ đến hạn thanh toán khi chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
• Thanh toán sau hạn hợp đồng nhưng vẫn kê khai khấu trừ lại
• Không lập hợp đồng rõ thời hạn thanh toán
• Chia nhỏ hóa đơn để tránh ngưỡng 05 triệu đồng

Lưu ý quan trọng

Thời hạn kê khai bổ sung là 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, miễn là trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Nếu không điều chỉnh giảm đúng kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán thì có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về khai sai và phát sinh tiền chậm nộp nếu làm thiếu số thuế phải nộp.

Thuận Thiên lưu ý bạn nên kiểm tra hồ sơ theo 3 điểm: ngày hóa đơn, hạn thanh toán theo hợp đồng, và ngày có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Chỉ cần lệch một trong ba mốc này là rất dễ kê khai sai.