Thu nhập từ hợp nhất, sáp nhập doanh nghiệp có chịu thuế TNDN từ 01/10/2025 không?

I. Bảng tra cứu nhanh

Điểm mấu chốt: không phải mọi lợi ích từ hợp nhất, sáp nhập đều tự động bị đánh thuế; cơ quan thuế thường soi rất kỹ ở phần đánh giá lại tài sản và hồ sơ quyết toán tại thời điểm tổ chức lại doanh nghiệp.

II. Khoản nào bị tính thuế, khoản nào dễ nhầm?

1. Chênh lệch đánh giá lại tài sản – phần cần chú ý đầu tiên

Nhiều doanh nghiệp lầm tưởng mọi lợi ích từ hợp nhất, sáp nhập đều bị tính thuế. Thực tế, chỉ khi có chênh lệch do đánh giá lại tài sản theo đúng quy định thì mới phát sinh xử lý thuế tương ứng.

• Nếu giá trị đánh giá lại cao hơn giá trị còn lại trên sổ sách kế toán thì phần chênh lệch tăng được tính một lần vào thu nhập khác.
• Nếu giá trị đánh giá lại thấp hơn giá trị còn lại trên sổ sách kế toán thì phần chênh lệch giảm được giảm trừ thu nhập khác.

Ví dụ thực tế

Một tài sản có giá trị còn lại trên sổ kế toán thấp hơn giá trị đánh giá lại khi sáp nhập. Phần tăng thêm không phải là “lợi ích chung từ sáp nhập” mà là chênh lệch đánh giá lại tài sản và được xử lý vào thu nhập khác. Nhiều doanh nghiệp mắc lỗi khi ghi nhận thiếu hoặc sai bản chất khoản thu nhập này.

2. Trường hợp không áp dụng đại trà

Khoản chênh lệch đánh giá lại tài sản có thể được miễn thuế nếu phục vụ cổ phần hóa, sắp xếp lại doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Đây là ngoại lệ riêng, không phải cứ hợp nhất, sáp nhập là được áp dụng.

Lưu ý quan trọng

Phần này hay bị bỏ sót khi doanh nghiệp chỉ đọc tên nghiệp vụ “sáp nhập” mà không kiểm tra mục đích đánh giá lại tài sản và đối tượng doanh nghiệp có thuộc diện ngoại lệ hay không.

III. Kê khai, quyết toán và kế thừa sau hợp nhất, sáp nhập

1. Thời điểm quyết toán và nộp thuế

Khi tổ chức lại doanh nghiệp, doanh nghiệp cần quyết toán và hoàn thành nghĩa vụ thuế. Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN là ngày thứ 45 kể từ ngày có quyết định. Thuế phát sinh được xác định tại thời điểm này.

Mốc dễ bị truy thu: hồ sơ quyết toán thuế TNDN trong vòng 45 ngày kể từ ngày có quyết định tổ chức lại doanh nghiệp.

2. Kế thừa lỗ và ưu đãi thuế

Sau hợp nhất, sáp nhập, doanh nghiệp có thể kế thừa các khoản lỗ và ưu đãi thuế của doanh nghiệp bị hợp nhất, sáp nhập nếu đáp ứng điều kiện về tài sản, lao động, ngành nghề, địa điểm và các điều kiện pháp lý liên quan. Khi thanh tra, cơ quan thuế thường kiểm tra hồ sơ chứng minh điều kiện kế thừa có đầy đủ, thống nhất với quyết định tổ chức lại và sổ sách hay không.

Lưu ý quan trọng

Doanh nghiệp nhận tài sản khi hợp nhất, sáp nhập được trích khấu hao hoặc phân bổ chi phí theo giá trị đánh giá lại theo quy định, trừ một số trường hợp liên quan đến quyền sử dụng đất. Sai sót thường xảy ra nếu chỉ điều chỉnh giá trị tài sản mà không rà lại hồ sơ khấu hao và căn cứ ghi nhận chi phí.

IV. Rủi ro xử phạt nếu kê khai sai hoặc nộp chậm

Nếu không kê khai, nộp thuế đúng hạn, doanh nghiệp có thể phát sinh:

Khi xử lý hồ sơ hợp nhất, sáp nhập, cần kiểm tra ba điểm trước khi chốt quyết toán: biên bản/hồ sơ đánh giá lại tài sản, sổ kế toán thể hiện giá trị còn lại và thời hạn 45 ngày. Sai một trong ba điểm này dễ phát sinh điều chỉnh, tiền chậm nộp thuế hoặc tranh luận kéo dài với cơ quan thuế.