Nếu phát hiện sai sót về điều kiện khấu trừ thì quy trình xử lý ra sao?

I. Bảng tra cứu nhanh cách xử lý

Mốc thời gian cần nhớ: Hồ sơ khai thuế có sai sót được khai bổ sung trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế có sai sót, miễn là việc khai bổ sung diễn ra trước khi công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

II. Quy trình xử lý theo từng trường hợp

1. Phát hiện sai sót khi chưa có quyết định kiểm tra, thanh tra

Đây là giai đoạn doanh nghiệp chủ động xử lý hồ sơ. Cơ quan thuế đặc biệt lưu ý đến điều kiện khấu trừ có đủ chứng từ hay không, nhất là hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

1. Rà lại sai sót thuộc nhóm nào: làm tăng thuế phải nộp, giảm thuế được hoàn, hay chỉ làm thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
2. Lập hồ sơ khai bổ sung gồm: mẫu 01/KHBS, mẫu 01-1/KHBS và tờ khai GTGT đã điều chỉnh đối với các chỉ tiêu liên quan như 23, 24, 25.
3. Nếu số điều chỉnh làm tăng nghĩa vụ thuế hoặc làm giảm số đã hoàn, thực hiện khai bổ sung về đúng kỳ phát sinh sai sót và nộp phần chênh lệch kèm tiền chậm nộp nếu có.
4. Nếu việc điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng/giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau, kê khai vào kỳ phát hiện sai sót.

2. Phát hiện khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra hoặc kỳ đó đã bị kiểm tra

Doanh nghiệp thường hiểu sai rằng cứ phát hiện sai là được nộp bổ sung. Thực tế, sau khi đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, hồ sơ của các kỳ thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra không được xử lý theo cách khai bổ sung thông thường.

Khi đó, doanh nghiệp thực hiện theo kết luận thanh tra, kiểm tra, bao gồm các nội dung có thể phát sinh như:

• Điều chỉnh lại số liệu kê khai;
• Nộp số thuế bị truy thu;
• Nộp tiền phạt nếu có;
• Nộp tiền chậm nộp nếu có.

III. Hồ sơ cần kiểm tra và điểm hay bị sai

1. Điều kiện khấu trừ cần rà lại ngay

Nhiều kế toán chỉ nhìn hóa đơn mà quên điều kiện thanh toán. Với cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, số thuế GTGT đầu vào thường được xem xét trên các nhóm chứng từ sau:

• Hóa đơn GTGT hợp lệ;
• Chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu nếu là hàng nhập khẩu;
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định, trừ trường hợp đặc thù do Chính phủ quy định.

Nếu thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ, khoản này sẽ không tiếp tục được khấu trừ theo diện đủ điều kiện.

2. Số thuế không đủ điều kiện khấu trừ xử lý thế nào

Đây là điểm dễ bị truy thu nếu doanh nghiệp vẫn treo ở chỉ tiêu khấu trừ dù hồ sơ thanh toán chưa đạt. Nguyên tắc: khoản thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ có thể được xem xét tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định theo pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tuy nhiên, dữ kiện pháp lý cập nhật có nêu ngoại lệ: hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Chính phủ thì không áp dụng cơ chế này. Với khoản chi mua hàng hóa, dịch vụ từng lần từ 05 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được tính vào chi phí được trừ; trường hợp dưới 05 triệu đồng/lần hoặc một số trường hợp đặc thù có thể được xem xét nếu đáp ứng điều kiện khác.

Ví dụ thực tế

Một doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hóa đơn mua dịch vụ nhưng sau đó phát hiện chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Nếu còn trước thời điểm công bố quyết định kiểm tra, thanh tra, doanh nghiệp cần rà lại kỳ phát sinh, lập hồ sơ khai bổ sung và điều chỉnh số thuế đã khấu trừ không đúng. Khi thanh tra, bộ chứng từ thanh toán đi kèm hóa đơn thường bị kiểm tra đầu tiên.

IV. Rủi ro và lưu ý khi tự điều chỉnh

Nếu không xử lý kịp thời, việc khai sai có thể dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được khấu trừ, được hoàn không đúng. Quy định hiện hành ghi nhận mức phạt có thể là 20% trên số thuế thiếu, kèm 0,03%/ngày tiền chậm nộp.

Con số cần nhớ: Mức phạt có thể là 20% số thuế thiếu và tiền chậm nộp 0,03%/ngày nếu việc khai sai dẫn đến nghĩa vụ thuế bị thiếu.

Lưu ý quan trọng

• Kiểm tra lại đủ 3 nhóm hồ sơ: hóa đơn, chứng từ thanh toán, tờ khai đã kê khai.
• Phân biệt rõ sai sót làm tăng nghĩa vụ thuế với sai sót chỉ làm thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
• Không nên chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới rà hồ sơ, vì lúc đó cách xử lý sẽ hẹp hơn nhiều.
• Nếu cần, Thuận Thiên có thể hỗ trợ bạn rà lại hồ sơ khai bổ sung để tránh thiếu biểu mẫu hoặc điều chỉnh sai kỳ.

Nếu bạn đang vướng ở một bộ hồ sơ cụ thể, cách an toàn nhất là xác định trước kỳ sai, loại sai và điều kiện chứng từ còn thiếu, rồi mới chọn đúng cách kê khai bổ sung hoặc xử lý theo kết luận kiểm tra.