Hàng nhập khẩu bị hải quan giữ lại thì xử lý thuế và hóa đơn thế nào?

I. Bảng tra cứu nhanh

Lưu ý mốc thời gian: Thuế thường được xử lý trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hóa, trừ trường hợp có bảo lãnh, thời hạn nộp thuế riêng hoặc chế độ ưu tiên. Thời hạn nộp tờ khai là 30 ngày kể từ ngày hàng đến cửa khẩu. Hàng lưu giữ quá 90 ngày có thể bị xử lý tồn đọng.

II. Thuế xử lý thế nào khi hàng đang bị giữ?

1. Nguyên tắc xử lý thuế

Nếu hàng bị giữ để kiểm tra nhưng chưa có quyết định tịch thu, doanh nghiệp vẫn xử lý nghĩa vụ thuế của lô hàng nhập khẩu để hoàn tất điều kiện thông quan. Cơ quan thuế thường kiểm tra chặt chẽ chứng từ nộp thuế, quyết định tạm giữ và kết quả xử lý của hải quan.

• Khai tờ khai hải quan theo lô hàng nhập khẩu.
• Xử lý thuế nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu theo tình trạng thực tế của lô hàng.
• Trường hợp thuộc diện áp dụng thời hạn nộp thuế riêng, nộp theo thời hạn đó, thay vì nộp ngay trước thông quan.
• Trường hợp có bảo lãnh hoặc chế độ ưu tiên, thực hiện theo cơ chế tương ứng.

2. Trường hợp không xử lý như hàng bán thông thường

Nếu doanh nghiệp ghi nhận doanh thu hoặc đưa hàng ra lưu thông khi hồ sơ nhập khẩu chưa khép lại, có thể bị truy thu. Nếu hàng vi phạm và bị tịch thu, buộc tái xuất, trả lại hoặc không được nhập khẩu, việc xử lý thuế sẽ theo hướng hoàn thuế hoặc không thu thuế nếu đủ điều kiện, chứ không như lô hàng nhập khẩu thông thường để bán trong nước.

Ví dụ thực tế

Một lô hàng đã về đến cửa khẩu nhưng bị giữ để bổ sung chứng từ kiểm tra chuyên ngành. Trong giai đoạn này, doanh nghiệp chưa nên xem đây là hàng đã đủ điều kiện bán ra. Thuận Thiên thường lưu ý khách hàng rà lại bộ chứng từ và tình trạng nộp thuế để tránh sai từ đầu.

III. Hóa đơn xử lý thế nào?

1. Khi hàng chưa thông quan

Nếu hàng còn bị giữ, chưa hoàn tất thủ tục hải quan và chưa được phép lưu thông, doanh nghiệp chưa đủ điều kiện lập hóa đơn bán hàng cho lô hàng đó. Nhiều đơn vị căn theo tiến độ giao hàng nên xuất hóa đơn sớm, dẫn đến sai sót.

2. Khi hàng đã thông quan

Khi hàng đã hoàn tất thủ tục hải quan, nhập kho hợp pháp và đủ điều kiện lưu thông, doanh nghiệp mới lập hóa đơn điện tử theo quy định tại thời điểm bán hàng. Với các tình huống đặc thù như nhập khẩu ủy thác, hàng trả lại hoặc chưa nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, chứng từ sử dụng có thể là hóa đơn điện tử hoặc phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ tùy từng trường hợp.

• Nhập khẩu ủy thác sau khi nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, sử dụng hóa đơn điện tử khi trả hàng cho bên ủy thác.
• Không nên dùng các căn cứ hóa đơn cũ đã hết hiệu lực để xác định thời điểm lập hóa đơn.

Lưu ý quan trọng

Khi thanh tra, câu hỏi đầu tiên thường là hàng đã thông quan chưa, thời điểm nào được phép lưu thông, và hóa đơn bán ra lập trước hay sau mốc đó. Cần kiểm tra thời điểm hàng thông quan để tránh chênh lệch giữa hồ sơ hải quan, chứng từ kho và hóa đơn điện tử.

IV. Hồ sơ cần bổ sung và rủi ro thời hạn

1. Hồ sơ thường phải chuẩn bị

Khi hàng bị giữ để kiểm tra hoặc chưa đủ điều kiện thông quan, người khai hải quan cần bổ sung hoặc hoàn thiện hồ sơ theo yêu cầu. Thiếu một chứng từ nhỏ có thể kéo dài toàn bộ tiến độ xử lý.

2. Mốc thời hạn cần theo dõi

• Thời hạn nộp tờ khai: 30 ngày kể từ ngày hàng đến cửa khẩu.
• Quá thời hạn hoặc vi phạm thủ tục hải quan có thể bị xử phạt hành chính.
• Hàng lưu giữ quá 90 ngày có thể bị xử lý tồn đọng.

Khi xử lý lô hàng bị giữ, nên đối chiếu đồng thời ba nhóm hồ sơ: hải quan, thuế và bán hàng. Thuận Thiên thường khuyên kiểm tra theo checklist này trước khi hạch toán để tránh sai sót.