Khi nhận hàng thực tế thiếu so với hóa đơn, kế toán xử lý ra sao?

I. Bảng tra cứu nhanh cách xử lý

Nguyên tắc cốt lõi: hàng nhập kho theo số thực nhận, phần thiếu không gộp ngay vào chi phí nếu chưa xác định được nguyên nhân.

II. Cách hạch toán và xử lý theo từng trường hợp

1. Khi vừa nhận hàng và phát hiện thiếu

Lập biên bản kiểm nhận hàng hóa và phiếu nhập kho theo số lượng thực tế. Nếu chưa rõ nguyên nhân, phần thực nhận ghi vào tài khoản hàng tồn kho như TK 156, 152, 153…, phần thiếu theo dõi vào TK 1381. Nếu đang thanh toán hoặc ghi nhận công nợ theo hóa đơn thì ghi nhận tương ứng với TK 111, 112, 331.

Đây là lỗi thường gặp: nhiều doanh nghiệp thấy thiếu ít nên bỏ qua, dẫn đến chứng từ nhập kho, công nợ và hóa đơn không khớp.

2. Nếu nguyên nhân là bên bán giao thiếu

• Bên bán giao bổ sung: khi nhận thêm hàng, nhập kho bổ sung và kết chuyển phần đang theo dõi trên TK 1381 sang tài khoản hàng tồn kho.
• Bên bán giảm giá thanh toán: yêu cầu lập hóa đơn điện tử điều chỉnh giảm; kế toán điều chỉnh công nợ, giá trị hàng và thuế GTGT đầu vào.
• Bên bán hoàn tiền: ghi nhận khoản tiền nhận lại, xử lý phần đã theo dõi trên TK 1381 và điều chỉnh các chỉ tiêu liên quan.

Hồ sơ phần này thường bị cơ quan thuế để ý vì dễ thiếu biên bản xác nhận giao thiếu hoặc hóa đơn điều chỉnh không khớp.

3. Nếu do vận chuyển, nội bộ hoặc cá nhân có lỗi

• Đơn vị vận chuyển làm mất hoặc thiếu: lập hồ sơ xác định trách nhiệm, theo dõi khoản phải thu bồi thường và kết chuyển từ TK 1381 sang khoản phải thu bồi thường.
• Do nhân viên hoặc nội bộ: lập biên bản, xác định người chịu trách nhiệm và ghi sổ theo quyết định xử lý.
• Không xác định được hoặc không thu hồi được toàn bộ: phần tổn thất còn lại xử lý theo quyết định của cấp có thẩm quyền và quy định kế toán, thuế hiện hành.

Bước xác định trách nhiệm và lưu hồ sơ bồi thường thường bị bỏ sót, gây khó khăn khi kiểm tra sau này.

III. Hóa đơn điện tử và thuế GTGT cần xử lý thế nào?

Nếu hóa đơn ban đầu đã lập nhưng thực tế giao thiếu làm sai giá trị hàng hóa, bên bán lập hóa đơn điện tử điều chỉnh. Trên hóa đơn điều chỉnh ghi dòng chữ: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm”; phần giá trị điều chỉnh giảm ghi dấu âm (-).

Người mua nhận hóa đơn điều chỉnh thì kê khai theo kỳ nhận hóa đơn đó. Nếu sai sót làm thay đổi nghĩa vụ thuế của kỳ đã kê khai trước thì thực hiện khai bổ sung theo quy định.

Nguy cơ bị truy thu thuế GTGT xảy ra nếu doanh nghiệp vẫn kê khai đầu vào theo hóa đơn gốc mà không điều chỉnh khi bên bán đã lập hóa đơn điều chỉnh giảm.

Ví dụ thực tế

Một lô hàng trên hóa đơn ghi đủ số lượng nhưng khi nhận thực tế bị thiếu. Kế toán chỉ nên nhập kho theo số lượng thực nhận, lập biên bản xác nhận thiếu và treo phần thiếu trên TK 1381. Nếu sau đó bên bán chọn giảm tiền thay vì giao bổ sung, cần có thêm văn bản thỏa thuận và hóa đơn điện tử điều chỉnh để công nợ, hàng tồn kho và thuế GTGT đồng bộ.

Lưu ý quan trọng

• Không có mẫu bắt buộc duy nhất cho biên bản kiểm nhận hàng thiếu; doanh nghiệp có thể dùng biên bản giao nhận hoặc biên bản xác nhận số lượng tự soạn.
• Phiếu nhập kho sử dụng Mẫu số 01-VT.
• Biên bản tổng hợp kiểm kê sử dụng Mẫu số 05-VT, áp dụng từ 01/01/2026.