Doanh nghiệp có cần lưu trữ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để kiểm tra thuế GTGT không?

I. Bảng tra cứu nhanh

Mốc cần chú ý: từ 01/7/2025, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt là điều kiện cần áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên, trừ một số trường hợp đặc thù do Chính phủ quy định.

II. Hồ sơ nào doanh nghiệp nên lưu để tránh vướng khi kiểm tra thuế GTGT?

Bản chất của việc lưu chứng từ không chỉ là để “đủ giấy tờ”, mà là để chứng minh giao dịch có thật, thanh toán đúng cách và đủ điều kiện khấu trừ. Đây là nội dung thường được kiểm tra kỹ trong các khoản đầu vào giá trị lớn.

• Hóa đơn GTGT.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo đúng quy định pháp luật về thanh toán.
• Hợp đồng, phụ lục và tài liệu liên quan đến giao dịch.
• Biên bản đối chiếu công nợ hoặc hồ sơ đặc thù khác nếu thanh toán theo hình thức bù trừ, ủy quyền hoặc phương thức đặc thù.

Ví dụ thực tế

Doanh nghiệp mua hàng nhiều lần trong cùng một ngày từ cùng một nhà cung cấp, mỗi hóa đơn dưới 05 triệu đồng nhưng cộng lại vượt ngưỡng. Thường bị truy thu nếu kế toán chỉ nhìn từng hóa đơn riêng lẻ mà không đối chiếu tổng giá trị trong ngày.

Lưu ý quan trọng

• Chứng từ điện tử vẫn có thể sử dụng nếu bảo đảm tính toàn vẹn, khả năng truy cập, tra cứu và đối chiếu.
• Doanh nghiệp nên lưu hồ sơ theo từng bộ để khi thanh tra có thể xuất trình ngay, tránh thiếu trước hụt sau.

III. Các trường hợp dễ nhầm khi áp dụng

1. Thanh toán thông thường

Nếu giá trị mua vào từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT, doanh nghiệp cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Tuy nhiên, không ít đơn vị chuyển tiền nhưng chứng từ lưu trữ thiếu sót hoặc thất lạc.

2. Bù trừ công nợ, ủy quyền, phương thức đặc thù

Không phải cứ không chuyển khoản trực tiếp là bị loại ngay. Với trường hợp bù trừ công nợ, thanh toán ủy quyền hoặc phương thức đặc thù khác được pháp luật cho phép, doanh nghiệp cần lưu đúng hồ sơ chứng minh tương ứng.

• Nếu bù trừ công nợ: lưu biên bản đối chiếu công nợ, xác nhận của các bên, hợp đồng và chứng từ liên quan; nếu có bên thứ ba thì lưu thêm hồ sơ tương ứng.
• Nếu thanh toán ủy quyền hoặc theo phương thức đặc thù khác: lưu chứng từ, thỏa thuận hoặc ủy quyền và hồ sơ thể hiện dòng thanh toán.

3. Mua trả chậm, trả góp

Với khoản mua trả chậm, trả góp từ 05 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp có thể khấu trừ tạm thời khi chưa đến hạn thanh toán nếu đã có hóa đơn và hợp đồng. Tuy nhiên, đến hạn thanh toán mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cần kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ. Nhiều doanh nghiệp quên theo dõi mốc đến hạn trên hợp đồng, dẫn đến sai sót.

IV. Nếu thiếu chứng từ thì rủi ro gì?

Nếu không xuất trình được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong trường hợp cần áp dụng, khoản thuế GTGT đầu vào tương ứng có thể không đủ điều kiện khấu trừ. Khi thanh tra, bộ hồ sơ thanh toán, hóa đơn và hợp đồng thường được đối chiếu đầu tiên.

• Nếu đã khấu trừ tạm thời nhưng đến thời điểm cần có chứng từ mà vẫn thiếu, doanh nghiệp cần kê khai điều chỉnh giảm.
• Có thể phát sinh truy thu, xử phạt và nghĩa vụ tài chính liên quan theo pháp luật thuế và quản lý thuế.
• Việc kê khai khấu trừ khi không có chứng từ phù hợp có thể bị xử phạt hành chính về khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc vi phạm thủ tục thuế, hóa đơn.

Mẹo kiểm tra hồ sơ: Để kiểm tra hồ sơ, hãy rà soát bốn nhóm giấy tờ trong cùng một bộ: hóa đơn, chứng từ thanh toán, hợp đồng và hồ sơ đối chiếu (hoặc hồ sơ đặc thù khác nếu có). Việc thiếu một trong các giấy tờ này có thể khiến khoản khấu trừ bị từ chối.

Về thời gian lưu, chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính cần được lưu trữ ít nhất 10 năm. Lưu ý: nhiều doanh nghiệp chỉ giữ file ngân hàng hoặc sao kê rời, khó gắn với hóa đơn cụ thể khi đối chiếu.