Doanh nghiệp cần làm gì nếu phát hiện sai lệch VAT trong hợp đồng đã ký trước đó?

I. Bảng tra cứu nhanh cách xử lý

Mốc cần nhớ: Việc khai bổ sung được thực hiện trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, nhưng cần thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

II. Trình tự doanh nghiệp nên làm ngay

1. Rà lại sai lệch nằm ở hợp đồng hay đã đi vào hóa đơn

Bản chất: nếu sai lệch VAT mới chỉ nằm trên hợp đồng, các bên cần căn cứ điều chỉnh. Nếu sai lệch đã vào hóa đơn GTGT, hồ sơ hóa đơn là phần được kiểm tra kỹ lưỡng. Nhiều doanh nghiệp từng vướng lỗi này.

• Nếu chỉ sai tên hoặc địa chỉ người mua nhưng không sai mã số thuế và các nội dung khác không sai, người bán chỉ cần thông báo cho người mua về sai sót, không cần lập lại hóa đơn.
• Nếu sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế GTGT hoặc hàng hóa ghi không đúng quy cách, chất lượng thì cần xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế.

2. Lập phụ lục hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận điều chỉnh

Về mặt hồ sơ, sai lệch VAT từ hợp đồng cần được phản ánh qua phụ lục hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận giữa các bên. Đây là tài liệu thường được thanh tra yêu cầu kiểm tra.

• Nội dung sai và nguyên nhân sai
• Giá trị trước điều chỉnh và sau điều chỉnh
• Thuế suất hoặc tiền thuế GTGT điều chỉnh
• Trách nhiệm của mỗi bên
• Căn cứ để lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế

Việc điều chỉnh hợp đồng chỉ là căn cứ dân sự – thương mại, không thay thế thủ tục hóa đơn và kê khai thuế.

3. Xử lý hóa đơn điện tử đúng thủ tục

Trước khi lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, cần phân loại người mua:

• Nếu người mua là doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh: người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai sót.
• Nếu người mua là cá nhân: người bán thông báo cho người mua hoặc thông báo trên website của người bán.

Sau đó, người bán được lựa chọn một trong hai cách:

1. Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh, ghi rõ: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”.
2. Hoặc lập hóa đơn điện tử mới thay thế, ghi rõ: “Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”.

• Nếu điều chỉnh giảm giá trị, giảm VAT thì ghi dấu âm.
• Nếu điều chỉnh tăng giá trị, tăng VAT thì ghi dấu dương.
• Nếu có nhiều hóa đơn sai cùng tháng và cùng người mua, có thể lập 01 hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho nhiều hóa đơn và đính kèm bảng kê.
• Người bán thực hiện thông báo sai sót với cơ quan thuế theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT nếu thuộc diện phải thông báo.

Ví dụ thực tế

Hai bên ký hợp đồng với đơn giá chưa VAT đúng, nhưng khi xuất hóa đơn lại áp sai thuế suất dẫn đến sai tiền thuế GTGT. Trường hợp này cần: văn bản thỏa thuận sai sót, hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế. Nếu đã kê khai sai, phải khai bổ sung thuế.

III. Khi nào cần khai bổ sung thuế GTGT

Nếu sai lệch VAT đã ảnh hưởng đến hồ sơ khai thuế đã nộp, doanh nghiệp cần làm thêm bước khai bổ sung. Nhiều đơn vị chỉ sửa hóa đơn mà quên sửa tờ khai.

Nếu phát sinh tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp còn cần nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp.

Lưu ý quan trọng

• Nếu cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thì quyền khai bổ sung sẽ bị giới hạn.
• Có thông tin về mốc 5 năm từ 01/7/2026 đối với thời hạn khai bổ sung, nhưng đây là thay đổi hiệu lực về sau.
• Phạt khai sai hoặc thiếu thuế GTGT có thể ở mức 10-20% số thuế khai thiếu tùy trường hợp.
• Vi phạm về hóa đơn có thể từ cảnh cáo đến mức phạt tiền lớn tùy số lượng và mức độ.

IV. Checklist hồ sơ dễ kiểm soát

• Phụ lục hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận điều chỉnh VAT
• Biên bản/văn bản ghi rõ sai sót giữa các bên nếu người mua thuộc nhóm phải lập thỏa thuận
• Hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế
• Mẫu 04/SS-HĐĐT nếu thuộc trường hợp cần thông báo cơ quan thuế
• Tờ khai bổ sung 01/KHBS, bản giải trình 01-1/KHBS và tài liệu liên quan nếu đã ảnh hưởng đến kê khai thuế

Nên rà theo thứ tự: hợp đồng → hóa đơn → tờ khai thuế → chứng từ lưu hồ sơ. Làm đúng thứ tự sẽ dễ kiểm soát rủi ro và tránh thiếu giấy tờ khi giải trình.